Já se passaram dois anos e meio desde que Naruto Uzumaki deixou Konohagakure, a Vila Oculta da Folha, para um treinamento intenso após eventos que alimentaram seu desejo de ser mais forte. Agora a Akatsuki, a misteriosa organização de ninjas desonestos de elite, está se aproximando de seu grande plano que pode ameaçar a segurança de todo o mundo shinobi.
Embora Naruto seja mais velho e eventos sinistros apareçam no horizonte, sua personalidade mudou pouco – ainda indisciplinado e infantil – embora agora esteja muito mais confiante e possua uma determinação ainda maior para proteger seus amigos e seu lar. Aconteça o que acontecer, Naruto continuará lutando pelo que é importante para ele, mesmo que às custas do próprio corpo, na continuação da saga do garoto que deseja se tornar Hokage.